Mặc dù nghề ướp trà sen của phường Quảng An ngày càng có chỗ đứng vững trên thị trường kinh tế Việt Nam, tuy nhiên khi nhắc đến việc gìn giữ nghề truyền thống, các nghệ nhân trong làng vẫn gặp nhiều vướng mắc.[16] Điều này được cho là những năm gần đây, vùng nguyên liệu làm trà sen trở nên khan hiếm, giá cả tăng cao khiến người làm trà gặp nhiều khó khăn, thậm chí đã có không ít gia đình đã phải chuyển nghề khác. Ngoài ra, môi trường nước hồ Tây ngày càng bị ô nhiễm, số lượng hoa sen quanh hồ thưa dần, cùng đó với phương pháp làm thủ công đang khiến thế hệ trẻ bị áp lực.[16] Một nguyên nhân khác được kể đến như tốc độ đô thị hóa nhanh chóng cũng khiến việc mở rộng sản xuất trà sen Quảng An gặp rất nhiều khó khăn.[46]

Tuy đã trở thành nét đặc sắc trong văn hóa ẩm thực Hà Nội nhưng một số nghệ nhân đã tỏ ra lo lắng việc trà sen Tây Hồ sẽ dần bị mai một. Để giữ nghề, những nghệ nhân làm thực phẩm này luôn phải truyền dạy cho các con cháu của họ niềm đam mê với nghề ngay từ khi còn nhỏ.[16] Ngoài ra, số lượng sen trên hồ Tây mỗi ngày một thưa thớt cũng khiến nhiều người làm trà sử dụng những loại sen từ các vùng khác để làm trà sen "ướp xổi" do lợi nhuận, ảnh hưởng đến nhiều người tiêu dùng dễ mua phải sản phẩm không đảm bảo chất lượng.[2]

Cách làm trà sen ướp xổi hiện đang có xu hướng tăng dần. Đây là cách làm tuy không cầu kỳ và đòi hỏi nhiều công đoạn như trà sen truyền thống, không phải trải qua nhiều khâu và thời gian ủ lâu ngày như trước mà hiệu quả đem lại cao hơn.[7][47][48] Tuy nhiên, báo Nhân Dân cho rằng việc làm theo phong trào, bán theo thời vụ nhưng vẫn gắn nhãn trà sen hồ Tây khiến danh tiếng thức uống này bị ảnh hưởng rất nhiều.[7] Một số người cũng lợi dụng hương liệu tạo mùi để đánh lừa người tiêu dùng.[7]

Cải tiến và mở rộng

Kế thừa phương pháp ướp trà truyền thống, một chủ thương hiệu trà sen đã kết hợp với hệ thống sấy điện hiện đại trong quá trình ướp trà sen, qua đó phần nào rút ngắn thời gian ướp trà mỗi lần xuống còn khoảng 1 ngày rưỡi đến 2 ngày, đồng thời giữ được nước trà sánh vàng, không bị đỏ do thời gian sấy kéo dài như phương pháp truyền thống.[49] Quận Hồ Tây đã từng lên kế hoạch sẽ xây dựng không gian thưởng thức trà sen Tây Hồ, tìm hiểu về trà sen, phương thức ướp trà sen.[50] Theo đề án này, vào mùa sen nở, du khách có thể thưởng trà, tìm hiểu về trà sen, ngắm sen, chụp ảnh. Còn khi vào mùa sen cạn, nơi này có thể tổ thức các hoạt động nghệ thuật dân gian quan họ, chầu văn, ca trù, múa rối nước.[50]